Nel 2003 giunsero alla Procura di Napoli numerose denunce, in relazione al funzionamento del trattamento rifiuti, alle discariche, ai siti di stoccaggio. Vennero dunque avviate indagini per verificare la correttezza, sotto i vari profili dell'intero sistema.
Emerse allora che i prodotti di lavorazione non avevano le caratteristiche richieste dalla legge e dal contratto, e i pm rinvenneroi gli estremi del reato di «frode in pubbliche forniture», che portò al sequestro degli impianti, dissequestrati poi nel maggio del 2004. Cominciò quindi una lunga battaglia legale, con continui controlli, sequestri e successive revoche, fino alla risoluzione del rapporto contrattuale con le affidatarie, con l'intervento del governo attraverso il decreto legge del novembre 2005, convertito poi in legge nel gennaio 2006.
«Andando a ritroso - si legge nella nota della Procura - è apparso evidente che il comportamento delle societá non appariva lineare, in quanto pur essendo consapevoli fin dall'inizio che lo smaltimento dei rifiuti non avrebbe poturo funzionare, hanno fatto di tutto per dissimulare tale situazione». Un comportamento che, secondo gli inquirenti «è stato possibile grazie alla complicitá e la connivenza di chi aveva l'obbligo di controllare ed intervenire e non l'ha fatto per troppo tempo».

Corte dei conti: spesi 1,8 miliardi per l'emergenza rifiuti
La Corte dei conti ha dedicato nel rendiconto generale dello stato un approfondimento in sede di controllo al fenomeno dell'emergenza rifiuti rilevando che finora sono stati spesi «,8 miliardi di euro, il 21% dei quali per stipendi e funzionamento delle sedi». Una situazione «di estrema gravità - denuncia il procuratore generale della corte, Claudio De Rose - il cui tratto più generale è costituito da una struttura organizzativa ad hoc, che non si giustifica più con gli originari caratteri della eccezionalità e si configura, invece, come una complessa e duratura organizzazione extra ordine, che si affianca a quella ordinaria, bloccandone l'operatività». Per la corte «l'avvicendamento continuo dei commissari straordinari con più vice e subcommissari non ha giovato alla continuità dell'azione«. Ulteriori caratteristiche del fenomeno dell'emergenza rifiuti sono, segnala la magistratura contabile, «i rapporti tra imprenditoria deviata e burocrazia corrotta per lo smaltimento selvaggio dei rifiuti», gli enti pubblici che «per assicurare ai propri cittadini l'eliminazione dei rifiuti - denuncia De Rose - non vanno troppo per il sottile in fatto di appalti e di tutela dell'ambiente, con vantaggio per imprese che provengono dal nulla, senza mezzi e professionalità, e presentano offerte governate da accordi preconfezionati». La requisitoria della Corte dei conti sulla gestione dell'emergenza rifiuti prosegue con la condanna della regia «occulta delle proteste popolari contro impianti o progetti di impianti per porre in risalto ogni volta la questione della scelta del sito, situazione che anima la resistenza locale e vanifica la pianificazione su vasta scala. Per i profili di illecito erariale le procure regionali hanno in corso le relative istruttorie».